破产清算后，公司股东的权益保护主要受到《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国企业破产法》的规范与保护。以下是保护公司股东权益的具体措施和规定：

一、股东责任与权益的界定

有限责任原则：根据《公司法》第三条，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任，股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。这意味着，在公司破产清算时，股东的个人资产通常不会受到波及，除非股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任来逃避债务，并严重损害了公司债权人利益的行为。

出资义务：股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。若股东尚未向公司缴纳出资，需在破产清算中向公司补足其认缴的出资额。

二、破产清算中的权益处理

清偿顺序：在破产清算过程中，公司的资产将首先用于清偿破产费用和共益债务。随后，按照《企业破产法》第一百一十三条的规定，破产财产将依次清偿职工工资、医疗、伤残补助等费用，社会保险费用和税款，以及普通破产债权。股东作为公司的所有者，其投资可能会遭受损失，但由于股东责任有限，其个人资产不会因此直接受到影响。

股东权利行使：股东在公司破产清算过程中具有相应的权利和义务。如公司内部能协商一致，股东可自愿组成清算组进行破产清算。在清算过程中，股东需履行编制资产负债表、财产清单等职责，并通知债权人、公告、处理未了结业务、清缴税款、清理债权债务，最终分配剩余财产。若股东不履行职责，可能需要承担相应的法律责任。

三、特殊情况的保护

股东滥用权利的责任：根据《公司法》第二十条，公司股东应依法行使股东权利，不得滥用权利损害公司或其他股东的利益。如果股东滥用权利给公司或其他股东造成损失，应依法承担赔偿责任。

公司解散请求：在公司经营管理发生严重困难，且继续存续会使股东利益受到重大损失的情况下，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东可以请求人民法院解散公司，以保护自身权益。

四、法律支持与救济

法律咨询与援助：股东在破产清算过程中可以寻求专业律师或法律顾问的帮助，确保自身权益得到最大程度的保护。

司法救济：如果股东的权益在破产清算过程中受到侵害，可以通过诉讼等法律手段寻求救济。

综上所述，破产清算后公司股东的权益保护涉及多个方面，包括有限责任原则的适用、出资义务的履行、破产清算中的权益处理、特殊情况的保护以及法律支持与救济等。这些措施共同构成了对股东权益的全面保护体系。